据了解，绝大部分水书原件散存于民间，保管条件极差，受到温湿虫蛀及火灾的威胁，损毁情况严重。抢救工作的第一阶段主要是广泛征集散落在民间的水书加以馆藏，主要靠水书先生自愿捐赠及官方征购。在征集中，征购方会给予捐赠者、出售方适当的补偿。所征集或征购到的每册（件）水书都有征集时间、征集地点、原收藏人等信息，再根据国家对档案文献管理的标准并结合水书文献的实际，进行杀虫、除尘、修复、扫描、编目建档，并建立了水书特藏室。
经过30多年的努力，黔南州档案、文化、民宗部门以及贵州省部分高校研究院所、社会组织、中国国家图书馆都重视对水书文献典籍的征集、收藏和研究。据统计，截止目前，在三都县、荔波县、都匀市及独山县等水族聚居县市档案馆、图书馆、博物馆以及民研所等官方馆藏机构，全州馆藏水书文献典籍原件已接近19000册。另外，还有部分水书原件被收藏在各类民间博物馆。全州馆藏水书原件中，共有67册水书文献典籍被国务院批准列入《国家珍贵古籍名录》。此外，还征集到甲骨、碑刻、石刻、刺绣等各类水书实物载体文物共134件。
为更有效永久地保存这些珍贵文献档案，黔南州档案馆及三都县、荔波县都建立了水书档案资源数据库，对本馆馆藏水书进行全文数字化扫描。其中，州档案馆已全部完成400余册文献典籍数字化扫描，并收录了全州17000多册水书文献典籍的全部电子档案；三都县档案馆已完成7005册，并收集整理水书习俗原始图片、录音、视频资料共1430GB；荔波档案馆已完成9262册及23册入选《国家珍贵古籍名录》馆藏水书原件全文数字化扫描，并完成14大类水书习俗原始音像摄录和馆藏100册水书原件的音像摄录。
